Negli ultimi anni degli Sforza (agli inizi del '500) l'Italia del Nord divenne uno dei terreni di scontro fra le monarchie francese e spagnola. Quest'ultima prevalse, e per quasi due secoli (1535-1713) la città rimase sotto il governo spagnolo. Non fu un periodo di sviluppi, appesantito dal flagello della
Peste del 1630, ma almeno culturalmente vivificato dall'attività dei cardinali della famiglia
Borromeo: Carlo (poi santificato) e Federico. Fu creata l'
Ambrosiana, e si costruirono i seminari e il palazzo dei Gesuiti che è oggi l'Accademia di Brera.
Gli esiti delle grandi guerre europee tra la fine del '600 e gli inizi del '700 portarono Milano sotto il controllo della dinastia austriaca (e imperiale) degli Absburgo. Soprattutto il periodo di
Maria Teresa - la seconda metà del '700 - fu caratterizzato da una forte ripresa, di netto orientamento laico, praticamente in tutti i settori: dall'economia al funzionamento dell'apparato statale, dalle arti alla cultura, dal sistema scolastico allo sviluppo scientifico. Venne fondata l'Accademia di Brera, e si costruirono la
Scala,
Palazzo Reale,
Villa Reale e molti palazzi privati, secondo lo stile neoclassico che sarebbe stato seguito anche negli anni di
Nel corso delle guerre successive alla Rivoluzione Francese (1789), Milano passò sotto il controllo francese, divenendo capitale prima della Repubblica Cisalpina e poi del cosiddetto Regno Italico - governato da parenti di Napoleone - che arrivò a comprendere quasi tutta l'Italia del Nord. Fu un breve periodo di intenso
fervore ideologico e artistico, che diede alla città, oltre ai suoi primi piani regolatori urbanistici, grandi impianti pubblici come l'Arena e le nuove Porte.
Gli austriaci che tornarono in città dopo la caduta di Napoleone (1815) non erano più né riformatori né illuminati. Il loro ministro degli Esteri Metternich sosteneva che l'Italia fosse "un'espressione geografica", mentre in età napoleonica Milano aveva respirato aria di unità nazionale. Nel 1848 la città insorse contro gli Austro-Ungarici. Nel 1859 entrò a far parte dei domini dei Savoia, che nel 1861 divennero